Situat a la plana de l’Alt Empordà, el terme municipal de Vilajuïga, s’estén sota el contraforts nord-occidentals de la serra de Rodes, que vers tramuntana enllacen amb l’Albera. En una situació privilegiada que l’ha afavorit al llarg de la seva història i habitat des de l’antiguitat, conserva un grup molt notable de sepulcres megalítics, quatre dels quals són al cim de la coma d’Infern i un cinquè a la part baixa del seu vessant. Hi ha el dolmen de la Carena, el de les Ruïnes, el de la Talaia, el del Garrollar i el més significatiu, el de la Vinya del Rei. A part d’aquestes restes megalítiques, el terme de Vilajuïga fou habitat també en època ibèrica i romana com ens ho demostren les restes trobades al Puig de Quermançó, a la Roca Pujolar o a Roca Miralles i a Montperdut.
Vilajuïga a més, va formar part del Comtat d’Empúries. En diversos documents del segle X, Vilajuïga és esmentada entre les possessions del monestir de Sant Pere de Rodes, així, en un precepte del rei Lotari a favor de l’abat Hildesind d’aquest cenobi, es fa al·lusió a Villa Judaica. De la mateixa manera, en l’epístola que el papa Joan XV adreçà al mateix abat l’any 990, es confirmen una altra vegada els dominis situats in villa Iudaica.
Malgrat aquest antic esment, l’església de Sant Feliu de Vilajuïga (“Sancti Faelicis in Villa Judaica”), no es troba documentada fins a l’any 1080 a causa d’un judici que s’hi va celebrar per resoldre un cas de robatori comès contra l’abat de Sant Pere de Rodes. Posteriorment, en un instrument de l’any 1127, l’església és anomenada Sancti Felicis de Villa Judaica. En els nomenclàtors d’esglésies del segle XIV, figura Sancti Felicis de Villajudaica(1362) i anys més tard, a la darreria de segle, l‘Esclesia parrochialis sanctis Felicis de Villaiudaycha.
L’any 1080 s’esmenta també dins del terme de Vilajuïga el poblat de Canyelles (“Cannellis”) entre les possessions del monestir de Sant Pere de Roda. Aquest vilatge, format segurament a l’alta edat mitjana, amb la crisi dels darrers segles medievals, al segle XIV o el XV, es degué abandonar. Del mateix període també s’han conservat les restes dels castells de Quernançó i Miralles.
El Castell de Quemançó i el Castell de Miralles
El Castell de Quermançó és tot un símbol de Vilajuïga. Situat en un lloc estratègic, era un reducte important de defensa i difícil d’expugnar pel seu caire encinglerat. El castell fou possessió dels Comtes d’Empúries. Ponç I, que hi va instal·lar l’arxiu diplomàtic del comtat. En el seu testament de 1078 deixà la fortalesa als seus fills Hug i Bereguer. Dalmau Berenguer de Quermançó, que possiblement era nét de Ponç I d’Empúries, arrencà el llinatge dels vescomtes de Rocabertí.
El 1128, el comte d’Empúries, Ponç II, que havia procedit arbitràriament contra Berenguer Renard, senyor de Peralada, fou atacat, vençut i fet presoner per Berenguer III de Barcelona a Quermançó, on s’havia fet fort durant les guerres amb els francesos de final del segle XIII, aquest castell fronterer tingué un paper important. Va resistir els primers moments de la invasió francesa (1285) i va ser ocupat definitivament l’any 1288. L’any 1292, en un informe fet per al rei Jaume II, s’afirma que calien uns 12 homes per a poder defensar-lo. Al final de la guerra civil del segle XV, I’any 1472, el castell fou ocupat per forces addictes a Joan II. El 1808 era encara una posició estratègica, ja que fou fortificat per les forces napoleòniques.
El castell de Quermançó va lligat amb la història-llegenda de la Comtessa de Molins (Teresa de Molins), que després d’haver viscut un temps com a novícia va tornar amb els bandolers que capitanejava, que es trobaven amagats al castell. Aviat sorgiren enfrontaments i gelosies que van decidir a la comtessa a posar fi a aquesta situació i una nit d’estiu de 1826 va baixar al soterrani amb una torxa i va encendre la pólvora que hi havia acumulada encara dels francesos. El castell va volar i també moriren la comtessa i els bandolers.
Del castell de Miralles i de la seva església de Sant Pere se’n tenen notícies des de l’any 974, quan van ser donats a Sant Pere de Roda pel Comte Gaufred d’Empúries-Rosselló. La darrera cita documental del castell i de l’església és del 1044, data en què l’abat de Sant Pere de Rodes va presentar una queixa al comte per haver estat desposseït d’unes vinyes properes al castell.
L’evolució entre el segle XVIII i XX
Al llarg dels segles XVIII i XIX la població de Vilajuïga sofrí un augment considerable a causa de la important revifalla del camp català. Com a exemple d’aquest creixement, veiem com dels 101 habitants que hi havia l’any 1718, es passà als 754 l’any 1860.
D’aquest creixement en són mostra alguns dels casals i masos que hi ha repartits per tot el terme, com el Mas de Montperdut o el Mas d’en Satlle. Vilajuïga continuà creixent a les primeres dècades del segle XX, arribant als 924 habitants l’any 1920. En els seus camps s’hi collien principalment oli i vi que s’exportava a Suïssa i Alemanya. Encara en resten alguns, d’aquests magatzems i cellers. Complementaven aquestes activitats l’elaboració d’alcohol etílic (l’edifici de la destil·leria d’alcohol data de l’any 1922 i fou realitzat sota la direcció de l’arquitecte modernista Cèsar Martinell).
Les aigües minerals
Vilajuïga a més, és i ha estat coneguda històricament per tenir unes aigües minerals úniques que encara avui brollen de la muntanya de Verdera. Aquestes van ser declarades d’utilitat pública l’any 1904 i amb el temps, cada vegada més gent anava a buscar-ne. Ramon Margineda, un veí del poble, va ajuntar a sis famílies i va constituir una societat sota el nom d'«Aigües de Vilajuïga». A partir de llavors, la societat va començar a comercialitzar el producte, que s'envasava en ampolla de vidre, i es distribuïa per Girona, Barcelona, Andorra i, un temps més tard, per gairebé tot Catalunya. En els anys 1927 i 1928 l'aigua de Vilajuïga s'exportava també a Buenos Aires (Argentina).
Malgrat que al llarg dels anys ha passat per molts alts i baixos, l’any 2019 es van inaugurar les noves instal·lacions renovades per part de Grífols, la farmacèutica multinacional que n’és l’actual propietària.