L’Església de Sant Feliu de Vilajuïga és una església romànica inclosa a l’inventari del Patrimoni Arquitectònic de Catalunya que, per les seves característiques, podria situar-se a la meitat del segle XI.
L’Església s’ubica dins el centre històric de la població alt empordanesa, delimitada concretament pels carrers de l’Església i del Call. En el seu interior, conserva una pica baptismal monolítica molt senzilla del segle XI-XII i la nau romànica, però no la capçalera primitiva. Actualment aquesta nau antiga funciona com a vestíbul del temple que fou afegit a l’extrem de llevant als segles XVIII-XIX. La nau romànica té la porta a la façana de ponent, formada per una llinda sobre la qual hi ha un timpà llis resseguit d’una arquivolta decorada amb dents de serra i per un guardapols extern de pla i bocell. Un cavet continua horitzontalment entre la llinda i el timpà. Es cobreix amb una volta de canó, una mica ultrapassada, sostinguda per dos arcs torals de mig punt sobre pilars adossats amb impostes de secció de pla i bisell, fets amb dovelles estretes i carreus ben escairats de granit.
Església romànica reconvertida en temple neoclàssic durant els segles XVIII i XIX
L’edifici antic és conegut popularment com a sinagoga, tot i que no hi ha cap raó històrica que ho justifiqui. Amb els anys, l’església pateix diverses transformacions, així com per exemple la de la part del frontis i un tram de la nau amb dos arcs torals, lleugerament sobrepassats, i coberta amb volta de canó; tot plegat obra de la primera meitat del segle XI. L’any 2005 es restaura la porta de llinda recta amb guardaplos de mig punt i un fris de dents de serra.
Durant el segle XVIII, l’església es va eixamplar amb dues capelles laterals i posteriorment, els segles XVIII i XIX, es va allargar amb un cos neoclàssic de nau única, creuer amb cúpula, absis semicircular i volta de llunetes.